Basics of genetic engineering and diagnostics (5cr)

Evaluation scale

H-5

Content scheduling

The student should understand the essential principles of genetic engineering and diagnostic practices, and know the basic terminology and methods. The course consist of theoretical part (3 cr) and laboratory woks (2 cr).

Spesific topics include:

-Nucleic acids & molecular biology
-Requirements of gene technology, Isolation and analysis of nucleic acids
-Cloning vectors, Regulation of gene activity, expression, autoinduction
-Nucleic acids modifying enzymes. Ligation., Introducing DNA into host cells, PCR
-DNA sequencing, Antibodies, basics of immunology
-Immuno assays
-Immuno diagnostics

Laboratory works:
week 7: AMPLIFICATION OF EGFP GENE BY PCR
week 7: RESTRICTION ENZYMES AND AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
week 9: GEL EXTRACTION OF THE DNA FROM AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
week 9: CLONING OF PCR AMPLIFIED DNA FRAGMENT AND TRANSFORMATION
week 10: CHARACTERIZATION OF TRANSFORMANTS

Objective

The participants are able to describe the essentials of diagnostics and basic concepts and methods of diagnostics and genetic engineering. The participants know the basic principles and methods of genetic engineering.

Content

- basics and basic techniques of genetic engineering

- essentials, concepts and methods of diagnostics

Materials

Suominen I., Pärssinen, R., Haajanen, K. ja Pelkonen, J. Geenitekniikka (finnish)
Brown: Gene Cloning & DNA Analysis (english)

Teaching methods

Group and individual assignments
Laboratory experiments, Lab reports

Exam schedules

will be updated beginning of the course

Pedagogic approaches and sustainable development

Flipped learning, Contact teaching

Completion alternatives

Conducting research in a research group. For further information contact Mika Jokinen (mika.jokinen@turkuamk.fi).

Student workload

Theoretical part:
Lectures, presentations, assignments and self-studying (approx. 78 h)

Laboratory experiments:
24 h laboratory works (3 weeks, 8 h / week)
29 h self-studying and reporting of laboratory works

Evaluation methods and criteria

Theory part (60%) and Laboratory part (40%).

Further information

Opintojakso kuuluu 3 eri opintojaksoa sisältävään moduuliin, ja opintojakso alkaa johdannolla, jossa esitellään koko moduuli ja sen opintojaksojen liittyminen toisiinsa ja laboratoriotöiden muodostama kokonaisuus. Moduulin toteutus perustuu alkutapaamisessa muodostettaviin työryhmiin, jotka toimivat koko moduulin ajan. Ryhmät tuottavat ryhmäraportteja, lisäksi tehdään yksilöraportteja, jotka ovat kaikki osana lopullista arviointia. Raportit tehdään englannin kielellä, ja niiden laatimista valmentaa englannin opettaja, joka antaa myös geenitekniikan laboratorioraportista palautetta.
Kukin opintojakso sisältää 3 op teoriaosuuden ja 2 op laboratoritöitä. Laboratoriotyöt toteutetaan omana kokonaisuutena. Laboratoriotöistä tehdään ryhmäraportti.
Varsinainen Geenitekniikan ja diagnostiikan perusteet -opintojakso koostuu teoriaosasta (3 op) ja laboratoriotöistä (2 op). Geenitekniikan laboratoriotöissä tehdään geenimuokkauksella bakteerikanta, joka tuottaa GFP-proteiinia. Tällä kannalla tuotettava proteiini tuotetaan, eristetään ja puhdistetaan seuraavalla opintojaksolla, eli Bioprosessit ja jälkikäsittely -opintojaksoon liittyvässä laboratoriotyöosuudessa. Kolmannella opintojaksolla (Biomateriaalit ja kudosteknologia) tuotettu ja puhdistettu GFP-molekyyli kapseloidaan biomateriaallin ja analysoidaan laboratorio-osuudessa.