Opinto-opas

Tavoitteet

Opiskelija ymmärtää diagnostisen toiminnan ja geenitekniikan keskeiset osa-alueet ja osaa kuvata peruskäsitteet ja keskeiset menetelmät. Opiskelija tuntee geenitekniikan keskeisimmät periaatteet ja perusmenetelmät.

Sisältö

- geenitekniikan perusteet ja perusmenetelmien soveltaminen

- diagnostiikan perusteet, käsitteet ja menetelmät

Oppimateriaalit

Suominen I., Pärssinen, R., Haajanen, K. ja Pelkonen, J. Geenitekniikka (finnish)
Brown: Gene Cloning & DNA Analysis (english)
Lecture notes on Its-platform

Opetusmenetelmät

Group and individual assignments
Laboratory experiments, Lab reports

Tenttien ajankohdat ja uusintamahdollisuudet

will be updated beginning of the course

Pedagogiset toimintatavat ja kestävä kehitys

Flipped learning, Contact teaching

Toteutuksen valinnaiset suoritustavat

Conducting research in a research group. For further information contact Jani Pelkonen (jani.pelkonen@turkuamk.fi).

Opiskelijan ajankäyttö ja kuormitus

Theoretical part:
Lectures, presentations, assignments and self-studying (approx. 78 h)

Laboratory experiments:
24 h laboratory works (3 weeks, 8 h / week)
29 h self-studying and reporting of laboratory works

Sisällön jaksotus

The student should understand the essential principles of genetic engineering and diagnostic practices, and know the basic terminology and methods. The course consist of theoretical part (3 cr) and laboratory woks (2 cr).

Spesific topics include:

-Nucleic acids & molecular biology
-Requirements of gene technology, Isolation and analysis of nucleic acids
-Cloning vectors, Regulation of gene activity, expression, autoinduction
-Nucleic acids modifying enzymes. Ligation., Introducing DNA into host cells, PCR
-DNA sequencing, Antibodies, basics of immunology
-Immunoassays
-Immunodiagnostics

Laboratory works:
* Amplification of egfp gene by PCR
* Restriction enzymes and agarose gel electrophoresis
* Gel extraction of the DNA from agarose gel electrophoresis
* Cloning of PCR amplified DNA fragment and transformation
* Characterization of transformants

Arviointiasteikko

H-5

Arviointimenetelmät ja arvioinnin perusteet

The course consist of theory part and laboratory part. The theory part and its tasks emphasis 60% and labworking and reporting emphasis 40% of the final grade.
The course grading is composed of four tasks and each of them need to be approved:
* Group presentation task, max. 3 points (teacher + peer evaluation)
* Reflection report (individual), max. 4 points
* Multiple choice task (individual), max. 3 points
* Laboratory report as a presentation/video, max 5 points
Total points are converted to course grade:
<5p=0, 5-6p=1, 7-8p=2, 9-11p=3, 12-13p=4, 14-15p=5

Tavoitteet

Opiskelija ymmärtää diagnostisen toiminnan ja geenitekniikan keskeiset osa-alueet ja osaa kuvata peruskäsitteet ja keskeiset menetelmät. Opiskelija tuntee geenitekniikan keskeisimmät periaatteet ja perusmenetelmät.

Sisältö

- geenitekniikan perusteet ja perusmenetelmien soveltaminen

- diagnostiikan perusteet, käsitteet ja menetelmät

Oppimateriaalit

Suominen I., Pärssinen, R., Haajanen, K. ja Pelkonen, J. Geenitekniikka (finnish)
Brown: Gene Cloning & DNA Analysis (english)
Lecture notes on Its-platform

Opetusmenetelmät

Group and individual assignments
Laboratory experiments, Lab reports

Tenttien ajankohdat ja uusintamahdollisuudet

will be updated beginning of the course

Pedagogiset toimintatavat ja kestävä kehitys

Flipped learning, Contact teaching

Toteutuksen valinnaiset suoritustavat

Conducting research in a research group. For further information contact Jani Pelkonen (jani.pelkonen@turkuamk.fi).

Opiskelijan ajankäyttö ja kuormitus

Theoretical part:
Lectures, presentations, assignments and self-studying (approx. 78 h)

Laboratory experiments:
24 h laboratory works (3 weeks, 8 h / week)
29 h self-studying and reporting of laboratory works

Sisällön jaksotus

The student should understand the essential principles of genetic engineering and diagnostic practices, and know the basic terminology and methods. The course consist of theoretical part (3 cr) and laboratory woks (2 cr).

Spesific topics include:

-Nucleic acids & molecular biology
-Requirements of gene technology, Isolation and analysis of nucleic acids
-Cloning vectors, Regulation of gene activity, expression, autoinduction
-Nucleic acids modifying enzymes. Ligation., Introducing DNA into host cells, PCR
-DNA sequencing, Antibodies, basics of immunology
-Immuno assays
-Immuno diagnostics

Laboratory works:
* AMPLIFICATION OF EGFP GENE BY PCR
* RESTRICTION ENZYMES AND AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
* GEL EXTRACTION OF THE DNA FROM AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
* CLONING OF PCR AMPLIFIED DNA FRAGMENT AND TRANSFORMATION
* CHARACTERIZATION OF TRANSFORMANTS

Arviointiasteikko

H-5

Arviointimenetelmät ja arvioinnin perusteet

Theory part (60%) and Laboratory part (40%).

Tavoitteet

Opiskelija ymmärtää diagnostisen toiminnan ja geenitekniikan keskeiset osa-alueet ja osaa kuvata peruskäsitteet ja keskeiset menetelmät. Opiskelija tuntee geenitekniikan keskeisimmät periaatteet ja perusmenetelmät.

Sisältö

- geenitekniikan perusteet ja perusmenetelmien soveltaminen

- diagnostiikan perusteet, käsitteet ja menetelmät

Oppimateriaalit

Suominen I., Pärssinen, R., Haajanen, K. ja Pelkonen, J. Geenitekniikka (finnish)
Brown: Gene Cloning & DNA Analysis (english)

Opetusmenetelmät

Group and individual assignments
Laboratory experiments, Lab reports

Tenttien ajankohdat ja uusintamahdollisuudet

will be updated beginning of the course

Pedagogiset toimintatavat ja kestävä kehitys

Flipped learning, Contact teaching

Toteutuksen valinnaiset suoritustavat

Conducting research in a research group. For further information contact Mika Jokinen (mika.jokinen@turkuamk.fi).

Opiskelijan ajankäyttö ja kuormitus

Theoretical part:
Lectures, presentations, assignments and self-studying (approx. 78 h)

Laboratory experiments:
24 h laboratory works (3 weeks, 8 h / week)
29 h self-studying and reporting of laboratory works

Sisällön jaksotus

The student should understand the essential principles of genetic engineering and diagnostic practices, and know the basic terminology and methods. The course consist of theoretical part (3 cr) and laboratory woks (2 cr).

Spesific topics include:

-Nucleic acids & molecular biology
-Requirements of gene technology, Isolation and analysis of nucleic acids
-Cloning vectors, Regulation of gene activity, expression, autoinduction
-Nucleic acids modifying enzymes. Ligation., Introducing DNA into host cells, PCR
-DNA sequencing, Antibodies, basics of immunology
-Immuno assays
-Immuno diagnostics

Laboratory works:
week 7: AMPLIFICATION OF EGFP GENE BY PCR
week 7: RESTRICTION ENZYMES AND AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
week 9: GEL EXTRACTION OF THE DNA FROM AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS
week 9: CLONING OF PCR AMPLIFIED DNA FRAGMENT AND TRANSFORMATION
week 10: CHARACTERIZATION OF TRANSFORMANTS

Viestintäkanava ja lisätietoja

Opintojakso kuuluu 3 eri opintojaksoa sisältävään moduuliin, ja opintojakso alkaa johdannolla, jossa esitellään koko moduuli ja sen opintojaksojen liittyminen toisiinsa ja laboratoriotöiden muodostama kokonaisuus. Moduulin toteutus perustuu alkutapaamisessa muodostettaviin työryhmiin, jotka toimivat koko moduulin ajan. Ryhmät tuottavat ryhmäraportteja, lisäksi tehdään yksilöraportteja, jotka ovat kaikki osana lopullista arviointia. Raportit tehdään englannin kielellä, ja niiden laatimista valmentaa englannin opettaja, joka antaa myös geenitekniikan laboratorioraportista palautetta.
Kukin opintojakso sisältää 3 op teoriaosuuden ja 2 op laboratoritöitä. Laboratoriotyöt toteutetaan omana kokonaisuutena. Laboratoriotöistä tehdään ryhmäraportti.
Varsinainen Geenitekniikan ja diagnostiikan perusteet -opintojakso koostuu teoriaosasta (3 op) ja laboratoriotöistä (2 op). Geenitekniikan laboratoriotöissä tehdään geenimuokkauksella bakteerikanta, joka tuottaa GFP-proteiinia. Tällä kannalla tuotettava proteiini tuotetaan, eristetään ja puhdistetaan seuraavalla opintojaksolla, eli Bioprosessit ja jälkikäsittely -opintojaksoon liittyvässä laboratoriotyöosuudessa. Kolmannella opintojaksolla (Biomateriaalit ja kudosteknologia) tuotettu ja puhdistettu GFP-molekyyli kapseloidaan biomateriaallin ja analysoidaan laboratorio-osuudessa.

Arviointiasteikko

H-5

Arviointimenetelmät ja arvioinnin perusteet

Theory part (60%) and Laboratory part (40%).